督师府从四个方面展示了明清历史。大堂展区主要包括大堂、幕厅、照磨所。其中大堂又称正堂，是督师府核心建筑，是封建社会高级官员权利的象征。大堂展区按明朝一品文官规制，复原了明代督师府大堂原貌，再现了督师府的历史雄风。大堂西侧为“照磨所”，是照刷文卷的地方。大堂东侧为“幕厅”，是督师幕僚办公的地方。
六科展区位于大堂前东西两侧，为“吏、户、礼、兵、刑、工”六科，是当时中央六部下派的办事机构。布展后，东区吏、户、礼三科主要介绍了督师府建立和延革的有关史料，重点介绍蓟辽督师府设在宁远的史料依据。西侧兵、刑、工三科主要介绍明清战事中在辽东阵亡的各位英烈的生平事迹。
二堂展区主要包括正厅、议事厅、签押房和东西厢房，是当时各级官吏办公和议事的地方。在二堂的布展中主要再现原始风貌，正房内陈列了两组硅胶人物塑像，一是宁远保卫战情景，另一个是袁崇焕研读兵法时的情景。两侧厢房主要展出明清两朝官服。
吏舍是府内看管人犯的官员和隶卒办公住宿之所，现主要展出明清时代冷兵器、火器、器械、甲胄和旌旗等。监舍是监押人犯的地方，现在通过人物塑像复原了明代督师府监舍情景。
